Recherche et politique

Les travaux de Shinya Yamanaka sur les cellules souches pluripotentes induites (iPSC pour faire court), qui lui ont valu de recevoir cette semaine le Prix Nobel de physiologie ou médecine (partagé avec John Gurdon), sont très intéressants.

Sa récompense n'est pas une surprise, et le toujours-excellent blog de Tom Roud en parlait dès 2008, (et je vous conseille d'ailleurs d'aller, comme il le propose, lire la note explicative qu'il a préparée en complément sur le sujet).

Depuis quelques jours, vous avez surement lu un peu partout des explications (plus ou moins bonnes, mais allez par exemple voir les deux liens ci-dessus si vous n'avez pas encore tout compris) sur ces travaux, et je ne vais donc pas me lancer dans un long billet.

Je voulais simplement rebondir sur certaines réactions que je vois passer sur Twitter, par exemple :

En recompensant #Yamanaka, le Comité #Nobel souligne l'inutilité d'autoriser la recherche sur les cellules souches embryonnaires.
— Charles Beigbeder (@CBeigbeder) October 9, 2012

Avec le #Nobel de médecine décerné à Yamanaka, ceux qui militent encore pour la recherche sur l'embryon sont mondialement ringardisés.
— Jean-Pierre Denis (@jeanpierredenis) October 8, 2012

J'ai aussi vu des "retweets" de ce message d'Axel Kahn :

La méthode de Yamanaka basée sur le transfert de 4 gènes est relativement aisée et ne repose pas sur l'utilisation d'embryons.
— Axel Kahn (@axelkahn) October 8, 2012

Dommage que la brève conversation qui a suivi n'ait pas été tout aussi partagée :

@axelkahn méthode certe révolutionnaire et très utile mais qui ne pourra probablement jamais se substituer à l'utilisation de cellules ES.
— #DocteurLover (@free_polypeptid) October 8, 2012

@free_polypeptid Oui, je suis d'accord. L'étude du développement embryonnaire et de ses anomalies repose sur la recherche sur l'embryon.
— Axel Kahn (@axelkahn) October 8, 2012

Les résultats de Yamanaka ne veulent pas dire que les iPSC se substituent complètement à la recherche sur les embryons. Il faudrait sans doute plutôt voir cela comme un complément.

Ils ne veulent pas dire, non plus, que la recherche sur les embryons est devenu "ringarde". Le nombre de publications sur les cellules souches embryonnaires reste très important, (et a même augmenté par rapport à la période pré-iPSC).

Ils ne veulent, enfin, pas dire que Yamanaka lui-même ne travaille plus avec des embryons. Un de ses plus récents articles, publié dans Stem Cells and Development, traite justement de cellules (porcines) iPSC et de leur capacité de développement embryonnaire et fœtal. L'opposition de type "pro-life" à la recherche sur les embryons devrait donc en toute logique aussi s'appliquer ici, puisque l'origine "induite" des embryons ne change pas leur nature (d'un point de vue éthique).

Je me permets également de reproduire et traduire ici le résumé d'un article de Nature Reviews Molecular Cell Biology paru cet été et qui prend la forme d'une discussion avec six experts des cellules souches, dont Shinya Yamanaka :

"The increasing momentum of stem cell research continues, with the better characterization of induced pluripotent stem (iPS) cells, the conversion of differentiated cells into different cell types and the use of pluripotent stem cells to generate whole tissues, among other advances. Here, six experts in the field of stem cell research compare different stem cell models and highlight the importance of pursuing complementary experimental approaches for a better understanding of pluripotency and differentiation and an informed approach to medical applications."

"La dynamique autour de la recherche sur les cellules souches se poursuit, avec, entre autres avancées, une meilleure caractérisation des cellules souches pluripotentes induites (iPS), la conversion de cellules différenciés en cellules d'un type différent et l'utilisation de cellules souches pluripotentes pour générer des tissus entiers. Ici, six experts dans le domaine des cellules souches comparent différents modèles et insistent sur l'importance d'étudier des approches expérimentales complémentaires pour mieux comprendre la pluripotence et la différenciation et approcher de façon avisée les applications médicales."

Yamanaka n'est pas partisan d'une dérégulation complète de la recherche sur les cellules souches, c'est évident. On cite souvent sa visite dans une clinique de fertilité (dans laquelle il aurait réalisé le peu de différences entre un embryon et ses filles) comme motivation de l'étude récemment récompensée et, dans l'article ci-dessus, il insiste sur le fait que des règles sont nécessaires ("Scientific technologies are double-edged swords: they can provide many benefits for humanity, but at the same time can be harmful. Thus, regulations are necessary"). Mais ni lui ni ses résultats ne permettent de dire que la recherche sur les cellules souches embryonnaires est dépassée ou inutile, ni qu'elle devrait être interdite.

 

L'utilisation politique de résultats scientifiques est toujours à prendre avec des pincettes, car elle ne se soucie pas toujours des faits.
Il est logique, et sain, que la question de l'éthique soit discutée à propos de la recherche sur les embryons (comme pour beaucoup d'autres thèmes de recherche d'ailleurs). La réponse apportée ne peut être acceptée que si tout le monde prend garde d'éviter les raccourcis et les petits arrangements avec la réalité.

Transparence ?

Avant le passage de Gilles-Eric Séralini dans l'émission "Des Cliques et des Claques" sur Europe 1 hier soir, je me posais la question d'un emballement (génétiquement modifié) à propos du traitement médiatique réservé à son étude sur la toxicité d'une souche bien précise de maïs OGM. Dans ce billet, je parlais assez brièvement des limitations de l'étude elle-même (d'autres l'ont déjà fait), et me concentrais plutôt sur tout ce qui se passe autour, (publication, médias, conflits d’intérêts, etc.).

La prestation de Séralini n'a pas vraiment aidé à éclaircir ces points. Pire, certaines de ses réponses ressemblent fort à des tentatives d'enfumage (volontaire ou non, lui seul pourrait répondre), et je vais donc essayer de revenir sur les points non-techniques qui me posent le plus de problème.

Le pire dans tout ça est que je ne suis pas spécialement intéressé par les OGM, mais les méthodes employées me déplaisent. Au moins cela aura-t-il suffi à me remotiver à écrire sur ce blog, (j'en ai deux autres ici et ici, qui souffrent eux aussi de productivité irrégulière).


Les photos

La première question de mon billet précédent était de savoir pourquoi des photos de rats se trouvent dans l'article publié dans Food and Chemical Toxicology, alors que cela n'a aucune valeur scientifique. Si vous écoutez le podcast de l'émission, vous verrez que le sujet est abordé après 22'30, via le buzz que ces photos ont déclenché. Séralini affirme que c'est l'éditeur qui a demandé l'inclusion des photos.

Je dois avouer que j'ai un gros doute face à cette affirmation. Ces photos n'apportent rien à l'article, et il n'est donc pas habituel que de tels clichés soient inclus. J'ai d'ailleurs chercher dans les articles du journal, et parmi ceux traitant de tumeurs que j'ai regardé, aucune photo. Seulement des données chiffrées et des images au microscope, qui figurent d'ailleurs aussi dans l'article de Séralini (car elles sont utiles, elles). Vous pouvez par exemple aller voir :

• C.-H Wu et al., The topical application of 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin lacks skin tumor-promoting potency but induces hepatic injury and tumor necrosis factor-α expression in ICR male mice, Food and Chemical Toxicology 42(8):1217–1225, 2004.
• H.B. Jones et al., Effect of chronic phenobarbitone administration on liver tumour formation in the C57BL/10J mouse, Food and Chemical Toxicology 47(6):1333–1340, 2009.
• X. Zhao et al., A flavonoid component from Docynia delavayi (Franch.) Schneid represses transplanted H22 hepatoma growth and exhibits low toxic effect on tumor-bearing mice, Food and Chemical Toxicology 50(9):3166–3173, 2012.

Pourquoi l'éditeur aurait-il insisté pour avoir des photos seulement pour cet article ? Vous ne trouvez pas ça étonnant, alors que ce sont justement ces photos qui ont permis à Séralini de donner l'impact médiatique qu'il recherchait ? D'ailleurs, un peu plus tôt dans l'émission (21'45), il explique que ce sont les partenaires finançant l'étude qui ont demandé des photos. Tout ceci n'est pas très clair.

Mon autre problème avec ces photos est qu'on ne montre que les rats ayant reçu des OGM et/ou du pesticide. Cela laisse sous-entendre que seuls ceux-ci ont développés des tumeurs.

Ce point a été abordé dans l'émission (24'38) via un tweet que j'avais posté pendant le direct. Ce tweet n'était pas parfait, car le manque de caractères m'a fait raccourcir "rats ayant reçu des OGM" en "rats OGM", ce que Séralini a immédiatement corrigé (ce qui est à la fois logique et habile). Le reste de sa réponse porte sur le fait que leur étude se concentrait sur le différentiel dans l'apparition des tumeurs. Il omet de préciser que ce différentiel n'est pas significatif étant donnée la taille de l'échantillon, et que les différents doses d'OGM ne donnent pas des résultats cohérents entre eux et entre les sexes (comme relevé dans de nombreuses analyses, cf. mon précédent billet). Sa réponse contient tout de même un point important : il commence par dire que les photos existent pour les autres rats.

Si c'est le cas, pourquoi ne sont-elles pas dans l'article ? Quiconque a lu (ou même survolé) ce papier sait qu'il n'y a que trois photos : un rat ayant été nourri aux OGM (mais on ne nous dit si c'est le groupe à 11, 22 ou 33% d'OGM), un rat ayant reçu le pesticide, et enfin un rat ayant reçu les deux.


L'embargo

Le deuxième point sensible est la question de l'embargo. Il est courant que les journalistes scientifiques aient accès à une publication scientifique avant qu'elle ne devienne disponible en ligne. Cela leur permet de traiter le sujet correctement, d'aller demander l'avis d'experts du domaine, etc. Bref, de faire leur travail de journaliste. La contre-partie est qu'ils n'ont pas le droit de parler du sujet avant que la publication ne soit disponible, d'où le terme d'embargo (qui est parfois cassé, mais c'est un autre sujet).

Le problème, dans le cas de cette étude, est que Séralini a imposé comme condition d'accès anticipé à l'étude que les journalistes s'engagent à ne pas demander d'avis extérieur. Autrement dit, les journalistes n'avaient accès qu'à son seul son de cloche, et n'avaient que deux options : aller dans le sens de l'étude, ou attendre que l'étude soit sortie (et donc avoir deux ou trois temps de retard sur les autres journaux).

Cette démarche n'est pas acceptable, et a été critiquée par de nombreux journalistes, notamment de l'AFP, de Reuters et de la BBC, dont les déclarations sont reproduites dans ce très intéressant billet (en anglais).

Malheureusement, le sujet n'a pas pu être traité dans l'émission. Lorsque la question de l'embargo est abordée (11'38), Séralini dit simplement que l'éditeur scientifique demande l'embargo. C'est exact, mais volontairement trompeur. L'éditeur demande en effet l'embargo (dans le sens de la non-publication des articles de presse avant l'étude), mais justement pour permettre aux journalistes de faire leur travail, pas pour leur imposer des conditions d'accès. Elsevier, qui publie la revue Food and Chemical Toxicology, a d'ailleurs confirmé à l'auteur du blog ci-dessus qu'ils n'étaient pas responsables des conditions posées pour accéder à l'article.


La date de publication

Je me posais également la question de la date de publication. Il faut avouer qu'elle est plutôt opportune, à une semaine de la sortie du livre et du film, et pile à la temps pour la sortie d'un hebdomadaire faisant sa Une sur l'étude. Est-ce un hasard ?

Dans l'émission (12'24), Séralini affirme que la date de sortie de l'étude a été fixée par l'éditeur. Il est surprenant que l'éditeur choisisse précisément cette date, alors qu'il a publié en ligne quatre études la veille, une étude le lendemain, et deux autres études le même jour que celle de Séralini. Tout cela semble assez flexible. Pourquoi, aussi, l'éditeur tiendrait-il précisément à ce jour-ci, 48 jours après avoir accepté l'article, alors que le délai moyen entre ces deux dates est généralement très inférieur (comme je l'explique dans mon précédent billet) ?

Elsevier a également précisé au blog anglophone déjà cité qu'ils n'ont fait qu'accepter la demande de la part des auteurs d'être publiés ce jour en particulier. Cela contredit la version de Séralini, et laisse plutôt penser à un plan média préparé de longue date.


Le choix de la revue

Devant l'ampleur des résultats (si on admet temporairement qu'ils sont corrects), pourquoi ne pas avoir publié dans une revue en accès libre, ou dans une revue à plus fort impact ?

La question de l'accès à l'étude n'a pas vraiment été traitée, Séralini expliquant en gros que le livre est là pour transmettre l'information au public (11'44).

Selon lui (11'10), la revue est, de toute façon, "une des meilleures, si ce n'est la meilleure, des revues de toxicologie alimentaire". Cela justifie-t-il de ne pas publier dans une revue à plus fort impact, même si plus généraliste ? Je ne pense pas.

Est-ce simplement vrai ? Tout classement a ses limites, mais quand on est face à une revue peu familière, le SJR (SCImago Journal Rank) est assez utile. Le site classe la revue en 37e position pour la catégorie Food Science, et en 38e position pour la catégorie Toxicology.

Je le répète, aucun classement n'est parfait, et il est fort possible que la revue soit plus réputée que le classement ne le laisse penser. Est-ce toutefois suffisant pour justifier une publication précisément dans ce journal ?

Et pourquoi ne pas avoir opter pour placer l'article en accès libre ? L'option existe pour ce journal, et les frais associés ($3000) ne sont pas rédhibitoires si le budget de l'étude est effectivement de plus de trois millions d'euros.


Le conflit d'intérêts

On peut tout à fait être contre les OGM et réaliser une étude sérieuse qui montre qu'une souche particulière d'OGM est dangereuse. Le problème n'est pas là. Par contre, comment pouvoir écrire n'avoir aucun conflit d'intérêt quand :

• le directeur de l'étude (G.E. Séralini) est président du comité scientifique d'une des entités finançant l'étude (CRIIGEN).
• cette entité milite contre les OGM.
• le président du CRIIGEN est également un des auteurs de l'étude (Joël Spiroux de Vendômois), sans que sa contribution ne soit clairement identifié (alors qu'il est apparemment médecin généraliste, selon le site du CRIIGEN).
• on vend en parallèle à l'étude un livre et un film.
• la présidente d'honneur du CRIIGEN (Corinne Lepage) assure une bonne partie du "service après-vente" médiatique de l'étude, alors qu'elle sort elle aussi un livre sur le sujet ces jours-ci.
• l'étude est en partie financée par des enseignes de la grande distribution qui misent ouvertement sur le non-OGM et ont donc un intérêt commercial à ce que les OGM soient prouvés nocifs, (comme le souligne la demande de photos évoquée par Séralini, 21'45).

Personne ne peut nier que les auteurs avaient intérêt à ce que l'étude produise spécifiquement ces résultats, et qu'elle sorte précisément maintenant.

Encore une fois, cela n'invalide pas l'étude elle-même, mais ne pas déclarer de conflit est inexact et inacceptable, de la même manière qu'on n'accepterait pas qu'une étude financée par Monsanto n'indique pas un conflit.


Accès aux données

Il est dommage que les données ayant servi à l'écriture de l'article ne soient pas disponibles. Se dire prêt à les publier, mais seulement si les études précédentes font de même (20'47 dans l'émission d'hier), n'est pas suffisant. On ne peut pas à la fois critiquer les autres et reproduire le même fonctionnement.

Il aurait été beaucoup plus judicieux de mettre les données en ligne et de s'appuyer sur cela pour mettre la pression concernant l'accès aux précédentes.


Dernières remarques

Plusieurs passages de l'émission m'ont agacé du fait de l'attitude de Séralini. Les tentatives de discréditer les contradicteurs plutôt que de répondre sur le fond sont assez déplorables.

On a par exemple entendu que ceux qui critiquent l'étude n'avaient pas pris le temps de la lire (ah bon?), puisque de toute façon il n'est pas possible qu'ils en aient déjà eu le temps (8'12). Pourtant, dans le même temps, aucune critique envers les autorités russes, qui ont elles aussi très rapidement réagi à l'étude (18'38). Sans doute parce que la réaction va dans le sens soutenu par Séralini, à savoir l'interdiction.

J'ai aussi trouvé dommage que personne ne relève comment Séralini a balayé d'un revers de main l'intervention de Louis-Marie Houdebine. La première chose que Séralini lui a demandé est si il faisait partie des commissions d'évaluation (16'51). Houbedine répond que oui, ce qui entraine un terrible "voilà" en retour. Dévastateur auprès de l'auditeur, qui ne se rappelle peut-être pas que Séralini a lui-même mis en avant sa propre participation plus tôt dans l'émission (7'45).

Au détour d'une phrase (16'15), Séralini laisse également entendre que des messages de félicitations arrivent, maintenant que les scientifiques ont eu le temps de lire l'article. Je continue à ne voir circuler que des critiques, plus ou moins sévères. Qui pourrait m'indiquer un message allant dans le sens de Séralini ?

Enfin, j'ai été choqué par l'enfumage de Séralini sur le fait que les choses bougent en Inde, où un des co-auteurs aurait présenté les résultats de l'étude dans un grand colloque international (18'51). En cherchant sur Internet, on trouve rapidement que le colloque en question, "Advancing the Understanding of Biosafety", est en partie financé par la Fondation pour le Progrès de l'Homme (qui finance aussi l'étude). Pas de comité d'organisation, pas d'invitation à soumettre des articles, pas de revue par les pairs non plus, apparemment. Ce colloque est de plus organisé par l'ENSSER (European Network of Scientists for Social and Environmental Responsibility). Le seul membre français du "board" de ce réseau est Christian Vélot. Ce dernier est également membre du Conseil scientifique du CRIIGEN (Conseil Scientifique que préside Séralini, entre autre liens évoqués plus haut), et la pertinence de ses prises de position anti-OGM fait semble-t-il débat (voir par exemple cet article en deux parties ici et ici). Bien entendu, cela ne veut pas dire que les présentations faites pendant ce colloque sont donc forcément inintéressantes (je ne suis pas obtus), mais on ne peut nier qu'il y a nécessairement un biais, et présenter cette réunion comme étant un grand colloque international est donc un abus de langage destiné à impressionner l'auditeur. Il est dommage (mais inévitable) que personne n'ait eu le temps de le reprendre en direct.


Au final, je reste donc sceptique sur la qualité de l'étude, et très insatisfait du traitement médiatique autour des résultats produits.
Prochaine étape prochainement, puisque Arrêt Sur Images va apparemment consacrer son émission de la semaine à ce sujet. Avec enfin des réponses à mes questions ?

Emballement génétiquement modifié

Cela fait maintenant un peu plus d'une semaine que l'étude de Gilles-Eric Séralini et ses collègues sur les effets du maïs OGM sur la santé des rats est disponible en ligne. Je suppose que ceux qui sont intéressés par l'étude elle-même l'ont déjà lue depuis plusieurs jours mais, dans le cas contraire, vous pouvez la récupérer sur ScienceDirect.

Depuis une semaine les réactions sont nombreuses, et le traitement médiatique (cf. par exemple la Une du Nouvel Observateur la semaine dernière, "Oui, les OGM sont des poisons !") ne fait qu'amplifier le phénomène.

Il y a en France un scepticisme "anti-experts" qui ne date pas d'hier (et qui n'est pas forcément toujours une mauvaise chose, lorsqu'il est éclairé). Dans ce contexte, tout résultat qui va contre le consensus scientifique est généralement accueilli avec bienveillance par les médias. On peut par exemple penser à la place accordée aux interventions de Claude Allègre sur le changement climatique, ou aux titres ravis sur la possible "erreur" d'Enstein au moment des neutrinos supposément plus rapides que la lumière (ce qui a été contredit depuis).

Il ne faut donc pas s'étonner que certains se soient empressés de relayer cette étude sans essayer de prendre le moindre recul, d'autant plus que la souche de maïs OGM en question est produite par Monsanto (multinationale américaine dont le comportement est loin de faire l'unanimité). Ceci permet de rajouter une touche David-contre-Goliath (et/ou roman d'espionnage) du plus bel effet.

L'empressement est tel que, pour pouvoir passer outre l'embargo sur l'article avant sa publication (procédure classique), certains journaux ont cette fois-ci accepté de traiter de l'étude sans faire appel à des scientifiques tiers. C'est gênant, mais cela devient carrément problématique quand (i) le sujet est aussi sensible, et (ii) l'étude est aussi sujette à caution.

En effet, depuis une semaine, les critiques pleuvent. Le protocole mis en place pour l'étude ne semble satisfaire personne, notamment parce que :

• l'échantillon utilisé est trop petit, ce qui pose des problèmes statistiques. Cela est par exemple très bien montré par cet article du Bactérioblog. Pour plus de détails sur les problèmes statistiques de l'étude, il y a aussi un excellent document de Marc Lavielle (Inria Saclay et Laboratoire de Mathématiques, Université Paris-Sud Orsay; Membre du Conseil Scientifique du Haut Conseil des Biotechnologies), que j'ai trouvé sur Twitter via @Enroweb.
• l'espèce de rats utilisée pour l'étude est sujette au développement rapide de cancers, notamment si leur alimentation est excessive. Cela pose de nombreux problèmes, et pas seulement pour cette étude, comme le détaille cet article sur le blog Matières Vivantes.

Ces deux blogs contiennent d'ailleurs de nombreux liens vers d'autres (très bons) billets que je vous conseille d'aller lire.

La remise en cause de l'étude n'est pas uniquement francophone (voir par exemple ici), ni même uniquement le fait de la blogosphère scientifique. Le journal Nature est notamment très critique dans son éditorial du 25 septembre.

La réponse à ces critiques est très insatisfaisante. Pour l'instant, elle se limite à deux volets:

• ceux qui critiquent sont à la solde des lobbys pro-OGM.
• les autres études ne sont pas meilleures (en résumé, elles utilisent les mêmes espèces et les mêmes tailles de population). Séralini et ses collègues les auraient critiquées (je n'ai pas vérifié, mais Arrêt sur Images en parle), et au minimum le protocole standard est détaillé (pas vraiment critiqué) dans l'étude elle-même.

Le premier point est une tentative de discréditer toute opposition, et ne tient pas la route. Ou alors il faut que quelqu'un prévienne Monsanto que mon chèque s'est perdu (ainsi que ceux destinés aux blogueurs cités plus haut).

Le second point est plus grave. Si les auteurs sont si critiques des limites des autres études, pourquoi avoir repris le même protocole ? On aurait pu espérer qu'ils aient l'idée de mettre en place quelque chose de plus rigoureux, justement pour montrer qu'ils vont plus loin que les études qu'ils dénoncent.

J'ai vu circuler le chiffre de trois millions d'euros pour le budget cette étude. Cela me parait beaucoup, surtout quand on regarde les auteurs de l'étude et qu'on constate que la plupart ont des postes académiques ou au CRIIGEN. Les dépenses en personnel ne doivent donc pas faire exploser le budget de l'étude (même en comptant les autres auteurs comme post-doctorants et quelques techniciens non-cités parmi les auteurs, ce qui ne serait pas très gentil mais pas forcément inhabituel). Est-ce que les trois millions sont censés couvrir plusieurs études ? Sinon, il y avait à mon avis de quoi travailler sur plus de rats.

Séralini est invité dans l'émission "Des Cliques et des Claques" de ce soir (27 septembre), sur Europe 1. Espérons que cela lui donnera l'occasion de s'expliquer (même si je ne m'attends pas à ce que l'émission aille très loin dans les détails techniques, car ce n'est pas son but). Je ne suis ni pro-OGM, ni anti-OGM. Je demande simplement à être convaincu de la valeur de cette étude (et pour le moment je ne le suis pas du tout).

On peut penser à plusieurs questions appropriées pour une émission non-technique :

• Pourquoi avoir mis des photos de rats souffrant de tumeurs dans l'article, alors que de telles photos n'ont absolument aucune valeur scientifique ? L'article n'est-il donc là que comme "machine à buzz" ? Et si des photos sont ajoutées, pourquoi seulement pour les rats nourris aux OGM et/ou aux pesticides, comme le souligne un autre bon article du Bactérioblog, alors que 30% du groupe de contrôle développe aussi des tumeurs ?
• Pourquoi avoir imposé aux journaux grand-public de ne pas contacter d'autres chercheurs comme condition préalable à l'accès à l'étude avant sa publication ? Cela peut apparaitre comme un manque de confiance en ses propres résultats.
• Que s'est-il passé entre le 2 août, jour où l'article est accepté, et le 19 septembre, quand il devient accessible en ligne ? A-t-il fallu 48 jours pour préparer un "plan média"; la publication a-t-elle décalée pour coïncider avec la sortie du livre et du film ? Pour la revue en question, si on se base sur les 56 articles actuellement "in press" pour lesquelles toutes les dates sont disponibles, le délai moyen est de 20 jours (et même seulement 12 jours si on exclut un article pour lequel le délai est anormalement long, à 446 jours). À moins que ce ne soit un hasard dû à la faible taille de l'échantillon ?
• Étant donnée l'importance du sujet traité, pourquoi l'article n'est-il pas publié dans une revue en accès libre (comme le souligne un billet sur Tout se passe comme ci), ou dans une revue à plus fort impact ? Les status du CRIIGEN vont pourtant dans le sens d'un large accès au public.
• Pourquoi ne pas avoir déclaré de conflit d'intérêts ? La sortie simultanée de produits commerciaux (livre et film) est un évident conflit. Les sources de financement pourraient en être un autre (notamment en raison de la politique commerciale des chaines de distribution qui participent au financement). Ce point seul ne suffit pas à invalider l'étude, bien évidemment, mais pourquoi ne pas être transparent ?
• Pourquoi toutes les données ne sont-elles pas disponibles en annexe ? Tout ne peut pas tenir dans l'article lui-même, c'est compréhensible, mais comme le souligne le dernier blog mentionné, il est courant (et désormais très facile) de partager ces informations.

Vous ne voudriez pas savoir tout ça, vous ?

Je serais aussi curieux de savoir qui a au accès à l'article pendant l'évaluation par les pairs, et quel a été leur appréciation de l'étude. Cela restera bien sûr au niveau de la curiosité, car les auteurs n'ont pas cette information et ce n'est pas dans les habitudes des journaux de divulguer ces informations.

Je me demande enfin, (encore de la curiosité), quelle a été la contribution de chaque auteur. Il est de plus en plus fréquent que cette information soit donnée dans les articles, mais ce n'est pas le cas ici. Joël Spiroux de Vendômois est par exemple médecin généraliste selon le site web du CRIIGEN, dont il est président et qui finance l'étude. Je m'étonne de sa présence en tant qu'auteur de cette étude.

Le temps de l'éclaircissement scientifique viendra (il faut reproduire l'étude, augmenter la taille des groupes, améliorer l'analyse, etc.), mais il est déjà temps de mettre fin à l'emballement médiatique des dernier jours. Dès ce soir ?

Un futur, des futurs ?

Mon domaine de prédilection, en tant que chercheur, est la modélisation des systèmes complexes. Sans rentrer dans les détails techniques, il s'agit de développer des représentations informatiques expliquant des phénomènes spécifiques.
Dans le milieu, la définition exacte d'un système complexe prête encore au débat mais, intuitivement, vous conviendrez que la génétique, le climat, le système immunitaire, ou encore les interactions entre places financières, sont "complexes".

Je reviendrai sans doute sur les méthodes utilisées, car cela pourrait intéresser, mais aujourd'hui je voudrais m'attarder sur la notion de futur.
En effet, si le but des modèles est d'expliquer les phénomènes, cela passe souvent pour la mise en place de prévisions, (qu'il faut bien sûr valider).

Un modèle, par principe, correspond à un choix : il ne contient pas tous les éléments du système réel. L'inverse supposerait que le système est parfaitement compris, ce qui contredirait la motivation de départ.
Tout modèle est donc une représentation imparfaite du système, et n'est généralement utilisable que dans des conditions précises.

Un modèle ne prédit donc pas *le* futur, mais fournit au contraire un ensemble de scénarios possibles, (ces scénarios étant plus ou moins crédibles selon le réalisme du modèle).
Dans le cadre d'un de mes projets, je travaille par exemple sur la propagation des épidémies. Les modèles développés ne fourniront jamais l'évolution exacte de l'épisode infectieux. Même un modèle parfait serait incapable de le faire.

Supposons un instant qu'un tel modèle existe, et qu'une simulation soit lancée à partir de l'infection du double virtuel de M. Dupont, qui vient d'être diagnostiqué d'une nouvelle maladie. Le "modèle parfait" nous donne des résultats catastrophiques : d'après les simulations, Mme Dupont est sans doute déjà infectée, et la maladie va se propager très rapidement.
Pourtant, une semaine plus tard, aucun nouveau cas n'est signalé. Après quelques recherches, on se rend compte que, au moment où M. Dupont était mis en quarantaine, sa femme, très inquiète, a eu un accident cardiaque, et n'a malheureusement pas survécu. Elle n'a jamais eu le temps de contaminer d'autres personnes, et l'épidémie ne s'est jamais produite.

L'exemple est fictif, mais le constat est clair : le futur n'existe pas. Il n'y a qu'un éventail de possibles. L'un d'entre eux se matérialise, et devient le présent. Un modèle prédictif permet seulement de réduire l'éventail et d'identifier les évolutions les plus probables, (ce qui est déjà très utile!).

Un autre élément à prendre en compte est l'échelle de temps utilisé par le modèle. Par exemple, dans le contexte climatique, une hausse sur le long terme ne veut pas dire que chaque année sera plus chaude que la précédente, et encore moins que chaque jour sera plus chaud que le précédent.

Prenons un système artificiel, dans lequel nous introduisons une hausse forcée, et des variations aléatoires. On peut par exemple générer une série de valeurs dont le i-ème élément est donné par la formule ci-dessous, (basée sur une loi normale). En bref, pour ceux que les mathématiques laissent de marbre, la première valeur est obtenue à partir des petites variations autour de 995, la deuxième à partir de variations similaires autour de 996, la troisième autour de 998, la quatrième autour de 1001, et ainsi de suite.

Cette formule nous donne une évolution assez typique, représentée sur la figure ci-dessous. D'une valeur sur l'autre, la variation peut être relativement forte, et aussi bien à la hausse qu'à la baisse (courbe en pointillés). Par contre, la valeur moyenne sur les dix dernières valeurs (courbe rouge) est elle principalement orientée à la hausse, et beaucoup plus stable.
En particulier, on peut regarder les valeurs 40 à 60 : les variations sont fortes, avec notamment de fortes baisses, mais la moyenne augmente tout de même.
Avec un peu d'imagination, on comprend pourquoi nier sur le réchauffement climatique sur la base d'un été frais ou un hiver rigoureux n'a pas vraiment de sens.

Dans d'autres cas, il peut aussi être utile de prendre en compte un phénomène d'entraînement : plus la valeur est haute, plus son augmentation future est probable, (et inversement en cas de baisse). Cela peut par exemple se représenter avec la formule suivante. Au lieu de prendre 995+i comme base pour la i-ème valeur, on se sert de la valeur précédente.

Cela nous donne un comportement plus stable, mais dans lequel les baisses sont par conséquent plus durables, (voir valeurs 25-30 sur la figure ci-dessous). La formule est simpliste, mais ce type de variations ne semble pas très éloigné des phénomènes observés en bourse, (qu'on me corrige si je me trompe, ce n'est pas ma spécialité).

L'échelle de temps est donc primordiale. Le trader regardera le cours minute par minute, alors que le quidam voulant assurer sa retraite s'intéressera à l'évolution sur plusieurs années. De même le climatologue parlera de décennies, (voire de siècles ou millénaires!), tandis que le météorologue se concentrera sur les heures et jours à venir.

Ceci implique donc le développement de modèles très différents, spécifiques à leur application.
Du coup, critiquer les modèles climatiques sur la base de l'incapacité des modèles météorologiques à voir plus loin qu'une semaine est un argument qui ne tient absolument pas la route. Il ne fait aucun doute que Claude Allègre, avec son expérience, en est parfaitement conscient, (mais cela ne suffit apparemment pas à l'empêcher de régulièrement l'utiliser).

Économie de l'Écologie

On oppose souvent Économie et Écologie. Lutter pour la biodiversité et contre le réchauffement climatique ne devraient pas être des priorités, car cela mettrait en danger la croissance. Nature est récemment revenu sur cette opposition, notamment au travers d'une interview avec Pavan Sukhdev, qui travaille sur l'Économie des écosystèmes et de la biodiversité, (projet TEEB).

Le point de départ de ces travaux est que le PIB (Produit Intérieur Brut) ne prend pas en compte des facteurs tels que le bien-être et le niveau d'éducation de la population, ou l'utilisation qui est faite des ressources naturelles, le niveau de pollution, etc.

Un exemple illustrant cette carence est donné au début de l'interview. Un divorce entrainant des frais d'avocats, ou un accident de voiture entrainant des réparations et des frais médicaux, contribuent à une augmentation du PIB, mais ne sont pas liés à une hausse du bien-être.
Le progrès ne se résume pas à une simple hausse du PIB.

De la même manière, une forêt protégée rend de nombreux services qui n'ont pas une valeur commerciale directement mesurée : air pur, habitat pour les espèces animales, enrichissement du sol, potentiel médicinal des plantes protégées, etc.

Mettre un prix sur les ressources naturelles n'est pas, en soi, la solution complète, (et une estimation tronquée peut conduire à de mauvaises décisions), mais le principe a du bon, (voir par exemple le problème du CO2 et les procédures de type "pollueur-payeur").

Le rapport du TEEB pointe aussi la nécessité d'une vision à long terme. Ainsi, les zones marines protégées peuvent représenter, à court terme, une baisse de revenue pour les pêcheurs quand ils n'y ont plus accès.
Cependant, le rapport indique que, une fois le stock reconstitué, les prises en bordure des zones protégées sont significativement plus importantes, et font plus que compenser les pertes initiales. La majeure partie des haddocks pêchés aux Etats-Unis sont par exemple capturés à moins de 5km d'une telle zone protégée (Fogarty et Botsford, 2007).

Garder tout ceci en tête ne fera sans doute pas de mal, à l'approche des débats à Copenhague.


Pour en savoir plus :

• Article et interview de Pavan Sukhdev dans Nature.


• "TEEB for Policy Makers report", (disponible sur le site du projet).


• Article dans Newsweek.


• M.J. Fogarty, L.W. Botsford, "Population connectivity and spatial management of marine fisheries". Oceanography 20(3):112-123, 2007, (disponible en ligne).

L'OMS est sur la même ligne

Ce post fait suite déja mes précédents billets sur l'épidémie de grippe, que vous pouvez retrouver ici et ici.

Dans ces textes, j'insistais notamment sur le fait que l'échelle de l'OMS ne prend en compte que la propagation du virus, et pas sa gravité. Je suis donc ravi que cette notion soit désormais prise en compte par les médias. Ainsi le Monde.fr cite Aphaluck Bhatiasevi, porte-parole de l'OMS : "C'est vrai que l'OMS ne prend en compte que la façon dont le virus se répand pour déterminer son niveau d'alerte. Nous ne pouvons pas faire autrement, le degré de gravité est un critère subjectif, qui varie selon les pays. Tous n'ont pas le même nombre de morts. Et les pays du Sud, qui ont une population plus vulnérable, sont favorables au maintien des critères actuels." (article complet disponible ici)

On peut simplement regretter que ce point, pourtant essentiel, n'ait pas été expliqué dès le début de l'épidémie.

Je notais également qu'il ne manquait plus que l'apparition d'un foyer hors d'Amérique du Nord pour que nous nous trouvions, de fait, au niveau 6 de l'échelle de l'OMS.
L'établissement d'un foyer autour de Kobe et Osaka ces derniers jours devrait donc nous porter à ce niveau d'alerte.

Mais, encore une fois, cela ne présage en rien de la gravité de l'infection, donc toute panique serait superflue, (et risquée sur le long terme).

Bac+8 pour changer une ampoule ?

Ce matin, en regardant le journal de Radio Canada sur TV5, une chose m'a frappée.
Il était question de la sélection de deux nouveaux astronautes canadiens, et de leurs impressionnants cursus. Mais est-il vraiment nécessaire d'avoir ce niveau d'étude pour être efficace dans l'espace ?

Je suis donc parti à la recherche d'informations sur l'actuelle mission sur le télescope Hubble, et sur ses membres.
Aujourd'hui, deux astronautes sont sortis dans l'espace, pour la première partie des opérations. En bref, ils ont remplacé une caméra et des composants informatiques.

Ces taches réclament des connaissances techniques qu'on peut, je pense, estimer à un niveau BTS, en gros. A cela, il faut bien entendu rajouter la formation nécessaire aux déplacements en apesanteur, mais il n'y a pas de diplôme généraliste pour cela.

Vous serez donc peut-être surpris d'apprendre le niveau de formation des deux hommes.
John M. Grunsfeld a un doctorat en Physique, et Andrew J. Feustel un doctorat en Géologie !

Envoyer des médecins peut sembler logique étant donné le manque d'ambulance à envoyer. De même, confier le pilotage de la navette à des professionnels expérimentés ne va choquer personne.

La course aux diplômés devraient néanmoins s'arrêter là : les expériences réalisées dans l'espace sont mises au point avant le départ, et ne demandent souvent pas de compétences très différentes de celles réclamées pour les expériences "terrestres". Or celles-ci sont mises au point par du personnel hautement qualifiées, mais réalisées par des "petites mains" (doctorants, techniciens, stagiaires).

Bac+8 pour changer une ampoule, n'est-ce pas un petit peu exagéré ?

Complaisance, ou réaction disproportionnée ?

L'épidémie de grippe a en partie disparu des journaux, mais reste un sujet majeur des publications scientifiques telles que Nature.

Dans sa dernière édition (7 mai), on trouve par exemple un éditorial très intéressant: Between a virus and a hard place (jeu de mot sur la version anglaise de "entre le marteau et l'enclume").
Le but de cet éditorial is de souligner que la complaisance est plus dangereuse qu'une réaction disproportionnée, face au danger que représente la pandémie grippale.

Dans une certaine mesure, ce constat est exact : le virus se propage relativement rapidement, and il a fallu un certain temps pour se rendre compte que, dans sa forme actuelle, les symptômes sont relativement faibles.

Néanmoins, comme j'essayais de l'expliquer dans un récent billet, les virus se propagent désormais plus rapidement, et sont plus facilement détectés, et cela indépendamment de leur virulence (dont l'analyse demande forcément plus de recul).

De fait, cela peut conduire à une répétition de réactions qui apparaissent, a posteriori, disproportionnées. Et cela risque de conduire, à terme, à de la complaisance, ce qui pourrait être dangereux.

La seule démarche valide sur le long terme est donc d'encourager des réponses mesurées.

Précision, ou confusion ?

Peu de temps libre en ce moment, et la rédaction de billets pour ce blog en a donc pris un coup. L'actualité récente est pourtant intéressante, donc je vais essayer d'être concis et précis à la fois.
La précision est d'ailleurs justement le thème qui me chatouillait les doigts et m'a fait revenir vers mon clavier.

Vous l'aurez sans doute remarqué, la grippe porcine/mexicaine/A-H1N1 (rayez les mentions inutiles) est parmi nous. A cette occasion, on observe une recrudescence des interventions de scientifiques dans les médias. Certes, cela nous change des économistes, mais le message délivré est-il clair ?

Comme mes proches le savent (et comme les futurs fidèles lecteurs de ce blog le découvriront sans doute), mon domaine de prédilection, en tant que chercheur, est la modélisation des systèmes complexes. Le terme est assez générique, mais je travaille notamment sur un projet se focalisant sur les contacts entre personnes et leur impact sur la propagation des maladies infectieuses. Autant dire que je surveille la situation actuelle avec intérêt...

Etant donné mon travail ces derniers mois, les communiqués journaliers de l'OMS et des différents centres nationaux ne me posent pas de problème de compréhension. Par contre, il est évident que ces données "brutes" devraient être retravaillées avant d'être transmises à la société dans son ensemble.

En effet, est-il bien raisonnable de supposer que tout le monde va comprendre ce qu'est une pandémie ? Laisser se développer les malentendus ne peut, à terme, qu'avoir des effets négatifs : réactions excessives, perte de crédibilité des "interventions d'experts", etc.

Techniquement, il n'y a pas à débattre trop longtemps, la situation est de type pandémique : nous avons devant nous une nouvelle souche grippale, qui peut créer des symptômes sévères, et qui se transmet directement et assez facilement entre humains. Bingo ! Toutes les conditions sont remplies...
D'ailleurs, la seule différence entre la phase 5 (atteinte) et la phase 6 (non-atteinte à ce jour) correspond au fait que la pandémie touche un nouveau continent. En bref, Mexique, Etats-Unis et Canada, cela nous donne une phase 5. Si un nouveau foyer de taille significative se développait (par exemple en Espagne), on atteindrait vraisemblablement la phase 6, même sans augmentation du nombre de victimes.

Mais une fois que cela est dit, est-on plus avancé ? Scientifiquement oui, car cela a un sens précis, mais une fois dans les médias, la définition est rapidement oubliée, et on assimile trop souvent pandémie et morts par milliers.

Le blogueur Koz, dans un billet du 3 mai, souligne un point important : "au final, si la situation est pandémique, une pandémie de gros rhumes est aussi une pandémie".
Comme il l'indique lui-même, c'est une caricature (surtout en l'absence de symptômes sévères pour les rhumes), mais il souligne très bien l'absence d'une notion essentielle : la virulence de l'infection. Techniquement, ce sont deux notions différentes, mais ce "détail" ne passe que trop rarement le filtre médiatique.

Il semblerait, (et espérons que cela se confirmera), que la souche actuelle soit relativement douce. Paradoxalement, les craintes liées à la grippe aviaire ces dernières années reposaient sur une souche beaucoup plus virulente. Mais, moins transmissible, elle n'a jamais atteint (au moins jusqu'à présent) le niveau pandémique. Ce sont deux notions bien différentes, qui mériteraient d'être expliquées lors des nombreux sujets consacrés à l'épidémie. Ce ne serait d'ailleurs pas si difficile, si on voulait bien s'en donner la peine. Au lieu de cela, on nous sert du principe de précaution, des stocks de masque, et des quidams inquiets...

On me répondra peut-être que cela ne serait pas "vendeur", mais je n'en suis même pas sûr. Et il existe, de toutes façons, encore quelques médias qui n'ont pas à se préoccuper de ce genre de considérations.

Le monde dans lequel nous vivons est plus exposé en cas d'évènement majeur (médical ou économique). Mais, dans le même temps, il est aussi extrêmement vulnérable aux fausses alertes et aux "montées en épingle". La moindre dépêche peut faire le tour du monde en quelques minutes, et comme nous le voyons, un nouveau virus se retrouve aux quatre coins de la planète en moins d'une semaine.
Ce second point peut bien entendu sembler inquiétant, et la surveillance est nécessaire, pour ne pas laisser passer une souche virulente. Mais dans le meme temps, on se retrouve avec une situation dans laquelle infectiosité et virulence ne sont plus corrélées.

Une pandémie, au XXe siècle, ne pouvait prendre forme que si infectiosité et virulence étaient toutes les deux élevées : il fallait un stock de malades énorme afin de pouvoir se propager à travers la planète malgré le peu d'échanges inter-continentaux, et il fallait un grand nombre de victimes avant que l'on soit en mesure de faire le lien entre elles.
Aujourd'hui, la mobilité de la population propage toute nouvelle souche virale plus rapidement que jamais, et le niveau de surveillance des maladies infectieuses permet d'identifier et de suivre presque en temps réel même la plus inoffensive de ces souches.

Une pandémie n'était identifiée qu'a posteriori, et seulement si elle correspondait à une souche suffisamment virulente. Elle était donc forcément associée aux milliers (ou millions) de victimes qu'elle engendrait.
Ce n'est aujourd'hui plus le cas. Il est regrettable que ce glissement sémantique n'ait pas été expliqué ces derniers jours.